300 años después de los eventos de War for the Planet of the Apes (2017), en el que la tribu del fallecido César logra finalmente derrotar al ya extinto Alfa-Omega, han surgido muchos clanes de simios en el oasis al que César condujo a sus compañeros simios. Además, el virus logró infectar a todos los humanos supervivientes que antes eran inmunes al virus, e hizo que la humanidad retrocediera a un estado salvaje, volviendo a la edad primitiva o de piedra; asimismo, la naturaleza se apoderó de nuevo de todo lo que el ser humano alguna vez construyó. Un líder simio pervierte las enseñanzas de César esclavizando a otros clanes, y busca los últimos vestigios de una tecnología humana secreta. Mientras, otro simio se embarca en un viaje para encontrar la libertad, junto a una chica humana que intenta escapar del rey de un clan de simios